Kentin mimari dokusunu belirleyen bir diğer yapı grubu ise, sayısı 10’u bulan şapeller ve kiliseler ile büyük bazilikadır. Burada bunlardan yalnızca bazilika ile Mezar Kilisesi’ne değinilebilecektir. Liman Hamamı’nın yaklaşık 150 m güneydoğusunda konumlanan Patara Kent Bazilikası, yaklaşık 60 x 30 m ölçülerinde haç transept planlı bir kilisedir. Bu ölçüleri ile çağdaşları arasında en büyükler arasına giren kilisenin batıda peristil biçiminde bir atriumu ve açık narteks olarak tanımlanan bir giriş mekânı bulunmaktadır. Kazı çalışmaları, zeminin mozaik kaplı olduğunu ve duvarların fresko ile bezendiğini göstermiştir. Zaman içinde yapılan çeşitli ekler arasında, güneydeki piskopos konutu,  kentin Erken Hristiyanlık Dönemi tarihi bağlamında özel bir değere sahiptir. Doğuya eklenen üç yapraklı yonca planlı bir ek şapel, kilise yıkıldıktan sonra da bir süre daha kullanılmaya devam etmiştir. Patara Kent Bazilikası MS 5. yüzyılın ikinci yarısında inşa edilmiştir. MS 6. yüzyıl içinde sözü geçen eklerle genişleyen kilise, olasılıkla MS 7. ve 8. yüzyıllarda yaşanan depremlerde zarar görmüş; sonunda yıkılmış ve terk edilmiştir. Ancak Patara’nın uzun tarihi, kiliseye olasılıkla MS 11. yüzyılda, yıkıntılar arasına inşa edilen bir şapelin gösterdiği gibi, ikinci bir hayat vermiştir. 

Önceki araştırmalarda Kaynak Kilisesi olarak isimlendirilen Mezar Kilisesi ise, pek çok açıdan önemli bir yapıdır. Yaklaşık 17 x 29 m büyüklüğündeki kilise, kentin asal yerleşim dokusu içinde değil, takın kuzeyinde uzanan sur dışındaki Roma Çağı nekropolleri ile geç dönem işliklerinin bulunduğu bölgede inşa edilmiştir. Devşirme malzeme olarak kullanılan bazı yazıtlar ve topografik veriler, bu kilisenin Apollon Kutsal Alanı ile ilişkili olduğunu gündeme getirmiştir. Kilisenin güneyinde, son derece özgün bir mezarlık alanı yer alır. Kilisenin apsisi, literatürde “torpido mezar” olarak bilinen mekik formunda pişmiş topraktan bir mezarın üzerine oturtulmuştur. Çevresi tuğlalarla desteklenen mezarın üstündeki sunu deliği, burada aziz mertebesine ulaşmış birinin defnedildiğinin kanıtıdır; kilise işte bu aziz ve onun mezarı nedeniyle buraya yapılmıştır. Bu aziz öylesine önemli biri olmalıydı ki Lykia Başpiskoposu Eudemos kendisini girlandlı bir Roma Çağı lahdi içinde, azizin mezarından bir duvarla ayrılan, “bitişik” sayılabilecek konumdaki bir nişin içine gömdürmüştür. Güney yandaki temenosla çevrili mezarlık alanında konumlanan başka torpido mezarlar ile ikisi kapaksız toplam 9 lahit ve 2 adet tuğla örgü lahit formlu mezarın ele geçen lahit kapaklarından beşinde daha sunu deliği bulunmaktadır. Dolayısıyla alanın bütününe, benzeri bilinmeyen kapsamlı bir kutsallık atfedilmiştir. Adına, belki de Lykia’nın en önemli tanrısı Apollon’un çok saygın kehanet tapınağı üzerinde bir kilise yapılan ve öldükten sonra onun himayesini kazanmak için, başta Başpiskopos Eudemos olmak üzere, yanına defnedilmek istenen bu azizin kimliği ile ilgili elimizde bugün itibarıyla hiçbir yazılı veri yoktur. Ancak yine de bu sorunun yanıtı için öneriler yapılabilir: Eudemos adı, hem 325 İznik (Nikaia), hem de 381 İstanbul (Konstantinopolis) konsil listelerinde karşımıza çıkmaktadır. Kimliğin tespitinden bağımsız olarak, her iki tarih de bir terminus ante quem oluşturmaktadır. Bu tarihlerden önce, Patara’da öylesine önemli bir dinsel kişilik olmalıdır ki bu kilise onun mezarı üzerine yapılmış olsun ve Eudemos da kendini onun yanına gömdürsün. Bu bağlamda tarih bize tek bir ismi aktarmaktadır: O da, MS 20 Haziran 312 yılında Patara’da başı kesilerek idam edildiği ve böylece din şehidi mertebesine ulaştığı aktarılan, Lykia’nın ilk piskoposu Aziz Methodius’tur. Mekik formlu pişmiş toprak mezar ile mimari yapılaşımın MS 4. yüzyıla oturan başlangıç tarihi, bu olasılığı en azından güçlü bir alternatif olarak önermemizde yönlendiricidir. Mezar Kilisesi’nden başlayarak güneye ve kuzeye doğru uzanan yamaçların, birbirinden özgün mezar tiplerine sahip geniş nekropol alanları içermesi, bu mekânın kökende Apollon Kutsal Alanı olmasına da engel değildir. Çünkü tapınak ile mezar birlikteliği Beylikler Dönemi’nden bu yana Lykia’nın bilinen özelliklerindendir.