Patara’nın arkeolojik buluntularla kesinlik kazanan dip tarihi, ören yerinde ele geçen taş baltalar, Tepecik’te ele geçen seramik buluntular ve bir figürin ile Geç Kalkolitik-Erken/Orta Tunç çağlarına kadar inmiştir. Tepecik katmanlarının kesintisiz kullanım nedeniyle büyük oranda tahrip olması ve kent topografyasında yaşanan radikal değişiklikler (limanın dolması, bataklaşma, gerçek kıyı çizgisine ulaşamama, doğu tepelerden gelen erozyonla alanın yükselmesi vb.), erken buluntuların bozulmamış bir kontekst içinde bugüne ulaşmasını engellemiştir. Yine de kazılar ilerledikçe kentin erken yerleşim dokusunu daha yakından ve kapsamlı biçimde anlamamızı sağlayacak mimari bulgulara ulaşılması kaçınılmazdır. Lykia’nın genelinde MÖ 2. binyıla ait bulguların göreceli az olması; kıyı bölgesinde bu yüzyıllarda yerleşim olmadığı ve neredeyse 1500 yıllık bir ‘Karanlık Dönem’in bulunduğu iddiasını, 2. binyılın bölgeye yönelik zengin yazılı kaynaklarına rağmen gündeme getirmiştir (Kolb 2015). Ancak Patara, Hititlere ait Yalburt Anıtı hiyeroglifleri üzerinde okunan PATAR adıyla ve konumuyla, üstelik de denizaşırı ilişkiler bağlamında, diğer bir deyişle Lykia’nın daha o zamanlarda asal limanı olduğunu göstererek, Bronz Çağı’ndaki varlığını hiçbir tartışmaya yer bırakmayacak bir açıklıkla ortaya koymuştur. Bu olgularla, Kıyı Lykia’nın erken tarihi, Patara ile yeniden yazılmaktadır.

MÖ 2. binyılın sonlarından itibaren girilen Demir Çağı, Patara’da özellikle Arkaik Dönem ve sonrasında büyük bir yoğunluğa ulaşan buluntularla temsil edilmektedir. Patara’nın bundan sonraki tarihi, Lykia’nın bilinen tarihinden ayrılmaz. Miletli tarihçi Hekataios, “Patara’nın Ksanthos Nehri’nden sonra gelen ve Pataros tarafından kurulmuş, bir Apollon tapınağı ve limanı bulunan bir kent” olduğunu yazar (FGrHist 1F256). Ondan kısa bir süre önce, MÖ 540 civarında Patara da tüm Lykia gibi Pers egemenliğine girmiş olmalıdır. MÖ 5. yüzyılda kentin otonom bir yönetime sahip olduğu, I. Vekhssere (MÖ 450-430/425) ve II. Vekhssere (MÖ 430/20-410/400) tarafından basılan Patara lejantlı sikkelerden anlaşılmaktadır. Özellikle II. Vekhssere’nin sikke basımı da dahil olmak üzere Tlos, Phellos, Ksanthos ile olan ilişkileri, Patara’nın bağımsız ve güçlü bir kent olduğunu ortaya koymaktadır. MÖ 404’te Peloponnesos Savaşları sonrasında bir kez daha gelen Pers egemenliği ve Karia Satraplığı’na bağlanma süreçlerinden sonra MÖ 334/33’te diğer tüm Lykia kentleri gibi Patara da Makedonya kralı Büyük İskender’e boyun eğmek zorunda kalmıştır.